在沼澤的深處，一場戰爭即將爆發，是生化戰士和變種戰士 ﹣﹣極異天魔的殊死戰。

最後一批的生化戰士 ﹣﹣連擊、速戰和軍師，經過千辛萬苦終於來到黑魔澤，全力尋找生命面罩，以挽救卡達呂島。但面對他們的竟是不懷好意的魔王馬古他之變種戰士 ﹣﹣極異天魔。

一場追逐戰隨即爆發，正邪雙方在沼澤四週展開激鬥。與此同時，生化戰士發現在石筍穴的下面有一座金屬密室。 那裡有最新型的武器及戰機，以及可以喚醒天神馬他呂的秘密。 但他們亦隨即發現，天神一旦被喚醒，地心一切亦會隨之?滅。

生化戰士必須爭取時間，既要完成任務亦要確保卡達呂島的安全。